Σε πολλά συστηματικά νοσήματα, όπως στα νοσήματα του κολλαγόνου, προσβάλλεται στην πορεία του χρόνου και το αναπνευστικό σύστημα με εκδηλώσεις από τους αναπνευστικούς μύες που εμφανίζουν έκπτωση της ισχύος τους, το πνευμονικό παρέγχυμα με τη μορφή της διάμεσης πνευμονοπάθειας και τα πνευμονικά αγγεία.
Σε ορισμένες παθήσεις συστημικών νοσημάτων είναι συχνές οι αναπνευστικές λοιμώξεις.